ГБУ ДО «Краевой центр экологии, туризма и краеведения» был создан в соответствии с решением Исполкома Краевого совета депутатов трудящихся от 26 июля 1952 года, на основании приказа КрайОНО от 3 октября 1952 года как Краевая станция юных натуралистов и приказа КрайОНО № 329 от 22 октября 1956 года как Краевая детская экскурсионно-туристская станция.

В соответствии с постановлением Правительства Ставропольского края от 15 декабря 1999 г. №301-п «О создании в городе Ставрополе государственных образовательных учреждений дополнительного образования детей» было создано государственное образовательное учреждение дополнительного образования детей «Краевой эколого-биологический центр». Приказом министерства образования Ставропольского края от 09 сентября 2003 г. № 464-пр «О переименовании государственного образовательного учреждения дополнительного образования детей «Краевой эколого-биологический центр» государственное образовательное учреждение дополнительного образования детей «Краевой эколого-биологический центр» было переименовано в государственное образовательное учреждение дополнительного образования детей «Краевой центр экологии, туризма и краеведения».

Государственное бюджетное образовательное учреждение дополнительного образования детей «Краевой центр экологии, туризма и краеведения», создано путем изменения типа государственного образовательного учреждения дополнительного образования детей «Краевой центр экологии, туризма и краеведения» в соответствии с Гражданским кодексом Российской Федерации, Федеральным законом «О внесении изменений в отдельные законодательные акты Российской Федерации в связи с совершенствованием правового положения государственных (муниципальных) учреждений».